In timpul domniei lui Vlad Tepes (1456-1462, 1476) Curtea Domneasca se amplifica cu mai multe constructii. Cea mai importanta este aceea a turnului de supraveghere si aparare, cunoscut sub numele de "Turnul Chindei".

In secolul al XVI-lea, cand numerosi domnitorii folosesc cu precadere resedinta din Bucuresti, nu avem informatii despre noi constructii la Curtea Domneasca. Este posibil, totusi, ca unele lucrari de reparatii si imbunatatiri sa fi fost efectuate de Neagoe Basarab.

Catre sfarsitul secolului al XVI-lea se initiaza o serie de lucrari de fortificatii si constructii. Promotorul acestora a fost Petru Cercel (1583 - 1585), care construieste un nou palat, biserica mare a Curtii si primul apeduct, iar la exterior, spre raul Ialomita, "Gradinile domnesti".

In timpul ocupatiei turcesti din 1595 si apoi al campaniei de eliberare conduse de Mihai Viteazul, Curtea Domneasca a fost incendiata si a suferit stricaciuni. Au urmat alte jafuri produse de trupele lui Gabriel Bathory, Princepele Transilvaniei.

In timpul lui Matei Basarab (1632 - 1654) se inregistreaza o noua perioada de inflorire a Curtii de la Targoviste. Casele domnesti au fost reparate, zidul de incinta a fost dublat. Pentru nevoile Curtii, in imediata apropiere a palatului, spre lunca Ialomitei, a fost ridicata o baie "turceasca". In paralel se amplifica si sistemul de apeducte.

Noile perioade de restriste apar la mijlocul secolului al XVII - lea, culminand cu porunca data de domnul Tarii Romanesti, Gheorghe Ghica, de a darama cladirile Curtii Domnesti, considerata de Sultan drept centru rezistenta al luptei antiotomane.

Curtea Domneasca a cunoscut o ultima perioada de inflorire in timpul domniei lui Constantin Brancoveanu, care a luat o serie de masuri pentru restaurarea vechii resedinte domnesti. In aceasta perioada s-au refacut partial Casele Domnesti, unindu-se intre ele cele doua corpuri existente. S-au construit in interiorul Curtii foisorul din piatra in gradinile domnesti si casele "iazagiului" si "coconilor" spre sud. Biserica lui Petru Cercel a fost impodobita cu o tampla si o pictura noua (1698), pastrate pana astazi.

Dupa moartea cumplita a voievodului si a feciorilor sai, la Constantinopol, in 1714, Curtea Domneasca fiind parasita, se ruineaza, ajugand, cu timpul, o sursa de materiale de constructii pentru locuitorii orasului.

Secolul XX a debutat cu prima restaurare temeinica la Curtea Domneasca si anume aceea facuta de Comisia Monumentelor Istorice, in perioada 1907 - 1910. Intre cele doua razboaie mondiale, Virgil Draghiceanu, sub indrumarea lui Nicolae iorga, a condus lucrarile de degajare partiala a ruinelor, dezvelind si zidurile bisercii-paraclis. Tot in acea vreme au fost consolidate si protejate zidurile bai si palatul, operatiuni repetate si dupa cutremurul din 1940.

In ultimile decenii au continuat lucrarile de cercetare arheologica si de arhitectura, luandu-se masuri de protejare si restaurare a cladirilor din acest ansamblu.